并购交易方出现争端后，解决机制主要有三种：协商、仲裁与诉讼。交易方应根据具体情况，选择合适的争端解决机制，以降低争端解决成本，最大限度地维护自身的合法权益。
（一）协商
协商，指并购争议发生后，并购交易方进行磋商，通过谈判、和解等方式，相互做出一定让步，修正现有交易中各方失衡的权利义务关系，在并购交易方均认可的前提下，以和解协议等形式解决争端的机制。
协商以并购交易方自愿为前提，具有成本低、效率高、和解内容灵活、方便快捷等优势，是最高效便捷的争端解决机制。并购交易方在并购协议中往往约定，各方发生的任何争议均应首先协商解决，协商不成的，再寻求其他方式解决。
协商的劣势在于：并购交易方协商一致达成的协议虽具有法律效力，但并不具有强制执行力，需各方自觉履行。一旦一方违约，其他方无法向司法机关申请强制执行，仍需通过再次协商、仲裁、诉讼等方式寻求救济。就争端进行的协商不同于普通的商务合作协商，其通常发生在并购交易方就合作事项已存在一定分歧的前提下，此时的协商往往需要并购交易方投入更多的精力和时间，运用更多的智慧才能达到最后想要达到的效果。
如欲保证协商的效率和专业性，避免陷入就非关键争议点互相指责而真正的分歧难以得到解决的困境，并购交易方应当派遣拥有一定决策权的负责人以及具有专业纠纷谈判技能的专业人士参与协商过程,包括引入第三方调解、斡旋。
（二）仲裁
仲裁，指并购交易方在争议发生前或争议发生后达成协议，自愿将争议交由仲裁机构做出裁决，争议各方有义务履行该裁决的一种争端解决机制。仲裁具有以下特点：自愿性。选取仲裁方式解决争端，需以各方均同意为前提。各方达成仲裁协议，仲裁机构才对争议具有管辖权。灵活性。仲裁程序尊重并购交易方意愿，并购交易方有权协商选定仲裁机构、约定仲裁庭的组成人数、选定仲裁员等。保密性。仲裁一般不公开进行，有利于保护并购交易方的商业秘密和商业信誉。权威性。仲裁裁决具有法律效力，除因违反仲裁程序等法定原因外，仲裁裁决不得被撤销。并购交易一方不履行仲裁裁决确定的义务的，其他并购交易方可向司法机关申请强制执行。快捷性。仲裁实行一裁终局制度，有利于纠纷尽快解决。基于上述特点，仲裁成为解决并购争端最重要的方式之一。为降低争端解决成本，规避政策及法律风险，越来越多的并购交易方倾向于采用仲裁作为争端解决的首选方式。
仲裁的劣势在于：仲裁机构性质属于民间机构，无权采取强制措施，并购交易方的保全申请和执行仲裁裁决的申请必须由司法机关最终受理并实施。仲裁一裁终局保证高效的同时，也意味着并购交易方仅有一次救济机会，仲裁参与人必须高度重视并且聘请有丰富仲裁经验的专业人士参与仲裁过程，一旦由于己方举证不力导致仲裁失利，则几乎无其他挽回可能，风险较诉讼更大。
（三）诉讼
诉讼，指并购交易的一方或双方，将争议提交有管辖权的司法机关，由司法机关依照法定程序作出裁判，各并购交易方有义务履行该裁判的一种争端解决机制。诉讼具有以下特点：强制性。并购交易一方只要向有管辖权的司法机关提起诉讼，司法机关依法受理后，其他并购交易方必须应诉。如不应诉，司法机关有权缺席审判。规范性。诉讼程序法定，诉讼案件的审判庭由司法机关指定，并购交易方无权选择，诉讼过程中并购交易方应严格按照诉讼法的规定进行。公开性。诉讼以公开为原则，以非公开为例外。终局性。诉讼有国家强制力保证，系争端解决的最终机制。两审终审制。并购交易方不服一审判决有权上诉。对于终审判决不服的，并购交易方有权申请再审或申诉。诉讼对并购交易方的程序救济较为充分。
诉讼的劣势在于：诉讼周期较长，成本较高，不利于并购交易方及时维护合法权益。诉讼以公开审理为原则，对并购交易方商业秘密的保护力度较弱，尤其是对于一些涉及行业内重大事项且并购交易方不希望相关信息被并购交易方之外的公众得知的，诉讼是一个较为不利的选择。
（四）商事调解
商事调解是并购交易双方将交易产生的纠纷提交至商事调解组织进行调解的行为和过程，是一种不同于协商、仲裁与诉讼的新型调解形式。商事调解具有以下特点：自愿原则。交易双方都有权自主决定是否接受调解、自愿决定调解需要的时间、自愿选择调解规则、自愿选择调解员、自愿决定是否达成调解协议等。调解员实行推荐制。商事调解机构提供调解员名册，交易双方既可在名册里选择，也可在名册外选择，充分尊重当事人的意思自治。调解与仲裁相互独立。商事调解强调调解独立于仲裁程序之外，是单行的调解规则，不适用于仲裁庭主持下的调解，而是仲裁之外的一种纠纷解决方式。调解不以存在书面调解协议为必须，调解受理范围不受书面协议的限制。无论是否事先签订书面协议，只要双方当事人同意调解，就可启动调解程序。便捷灵活。一般情况下由一名调解员调解，申请、答辩、送达程序等都简便迅速，节省时间和成本，规定了确定的调解期限，注重效率并尊重当事人的自愿，调解方式灵活多样。强调调解员和当事人的保密原则
商事调解的劣势在于调解协议书仅具有民事合同效力，其效力不如诉讼和仲裁等方式。交易双方达成调解协议后，可以启动仲裁程序，申请根据调解协议直接制作有法律强制执行力的法律文书。
